Brun- och grenrör är svåra att hålla isär, även efter flera decennier av övning. Ståndarknapparna är olika, men finns tyvärr bara under en kort period, i mjölkens tid. Brunrör har långsmalt rektangulära gula ståndarknappar med dåligt pollen. På grenrörets ståndarknappar böjer ändarna ut sig när de släpper ut pollen, så att de får X-form, och deras färg är violettbrun och pollenkornen välutvecklade. Större delen av året finns inte dessa karaktärer till hands, och man är hänvisad till svagare karaktärer. Vippan är mörkare och mer brunviolett på brunrör. Stråets grenighet är variabel hos bägge men brunrör kanske är mindre grenig. Bladens översida är tämligen kal på brunrör och hårig på grenrör, men variationen är stor. Snärpet på översta stråbladet är cirka 8 mm på brunrör, betydligt kortare på grenrör, men även där är variationen stor. Brunrör har kraftigt brun färg på nedre delarna av stråna när de är unga, en karaktär som möjligen saknas på grenrör. Brunrör är nog något högre och bredbladigare än grenrör, med en något blåare ton i det gröna. Ofta finner man exemplar med motstridiga karaktärer, som till exempel vid Skålvallsjön i Färila: gula ståndarknappar, långt översta snärp men håriga blad.

På ett ställe där bägge arterna växer sågs en skillnad vid frömognaden. När brunrörets frön lossnade sågs ståndarna med sina oöppnade knappar sitta kvar. När grenrörets frön lossnade och föll av syntes ingenting av ståndarna. Brun- och grenrör växer ofta på samma lokal, men bägge arterna brukar då bilda bestånd, som växer sida vid sida eller den ena arten insprängd som en rugge i den andra. I viss mån blandar sig dock bestånden. Brunrör växer både i fuktig till våt skog och på strand och oftare i något glesare bestånd. Grenrör är framför allt en strandväxt, särskilt vid vattendrag, och bildar ofta vidsträckta och täta bestånd. Brunrör är något vanligare än grenrör.

Brunrör blommar i mjölkens tid, samtidigt med gren- och piprör. Inget grönt övervintrar.

Efter branden 2008 på sydsluttningen av Stor-Kölhöjden i Hassela kom arten upp mycket rikligt inom en stor mycket hårt bränd yta, där blåbär, lingon och de flesta av den mogna skogens växter helt saknades år 2010. På denna yta fanns i stället arter som med stor sannolikhet hade vuxit upp ur frön, som skogsvicker och mjölke. Möjligen kom brunrör där upp ur fröbanken, alternativt har det mer djupliggande jordstammar än blåbär och lingon.

Brunrör har en vidare spridning i olika vegetationstyper än grenrör och har även noterats på fler lokaler i Hälsingland. Det är nästan lika vanligt som grenrör på strand, något vanligare på myr, betydligt vanligare än grenrör i sumpskog och fuktig skog och är ett av skogens vanligaste gräs, mindre vanligt än kruståtel men jämförligt med bergslok, tuvtåtel, rödven eller piprör. Det förekommer sällsynt på havsstrand i skyddade lägen.