Införd krydd- och medicinalväxt, odlad utanför Uppland och Stockholm tidigast från 1600-talets mitt (Swederus 1911). Den odlades vid bl.a. Bohlby i Skagershult 1768 (Magnusson 1967) och senare i Lerbäck (Robson 1833, Sahlstedt ms 1825) och är känd vildväxande i Närke sedan 1758, en av de äldsta kända förvildningarna av växten i Sverige (jfr Hylander 1971), och sedan allt oftare (Gellerstedt 1852, Hartman 1866, Blomqvist & Rosenberg 1921).

Idag är pepparroten förvildad på många lokaler. Den sågs ”vid Blackstads gästgivaregård i en kålgård både på fasta marken och i gungfly” (Afzelius ms 1772–1789). Vid stränderna av Hjälmaren växer den på grundare vatten långt från land och i block- och muddermassor. Vid Göksholm i Mellösa har arten ett gammalt tillhåll i herrgårdsparkens strandvass (Löfgren & Wilhelmson 1999a). Vid Östra Laxsjön i Ramundeboda sågs den långt ute på en revelspets 1989.

Pepparrot bildar bestånd längs stränder och ofta i närheten av gårdar. Den ses kvarstående, möjligen sedan århundraden, vid Kägleholm slottsruin i Ödeby och Norra Järnäs ödeby i Götlunda. I en hästhage vid Frötuna i Götlunda fanns den 1991 rikl. inom 100 m². Broddeson noterade arten 1930 i ett 200 m långt bestånd vid Hidingsta station i Norrbyås.