Bäcknate växer i näringsfattiga källor, bäckar och diken, främst lokaliserad till Skogsbygden och är där spridd eller delvis täml. allm. Den förekommer i naturlig vegetation i bäckraviner och källdråg. Massförekomster i bäckar och diken har setts 1992 och 1993 N om Fagertärn i Askersund, vid Kringsjötorp i Bo, söder om Nybromossen i Ramundeboda, NÖ om Spångkärret i Nysund och V om Lillsjön i Kvistbro.

En välkänd bäcknatelokal är Rockebrokärret i Ramundeboda varifrån ett 30-tal uppgifter finns fr. o. m. 1879 (Hartman, UPS/OHa m.fl.). Sernander (1893, 1895) tolkade artens förekomst där som en atlantisk, minst 5 000-årig, relikt.