Smånunneört växer på mullrik, gärna skalblandad jord i halvskuggiga lägen på frisk mark. Den förekommer framför allt i bryn av ädellövskog vid bergrötter men även i alla andra typer av lövskogar, ofta på stenig mark bland torra eklöv och i snårvegetation. Dessutom förekommer arten i hagmark och andra buskrika betesmarker.