Kråkklöver växer på exponerade eller halvskuggiga, blöta till fuktiga ställen på dy, torv eller mineraljord. Man finner den oftast rikligt vid sjöstränder, i fattigkärr, skogskärr, på gungflyn vid mossgölar, i mosselaggar och torvgravar samt i blåtåtelhed liksom i sumpskogar och bäckdråg. Arten växer också i hällmarkernas små fuktpartier och kärr, även långt ut i skärgården.