Loppstarr växer på frisk till blöt, mager mark med låg vegetation men undviker de allra näringsfattigaste miljöerna och förekommer gärna på skalgrus. Man finner den ofta tillsammans med darrgräs, ängsstarr och slankstarr i öppna kärr, fuktängar, på betade havsstrandängar samt i källdråg i naturbeten och i sumpskog, som tidigare varit betad. Den lilla arten är starkt hävdgynnad och försvinner på sikt, då hävden upphör. Sedan förra inventeringen har den minskat starkt, mest beroende på igenväxning i inlandet. Kanske även kväve-nedfallet spelar roll för tillbakagången.