Bergdunört växer på frisk mulljord i löv- och blandskogar, särskilt i bryn och vid bergrötter. Man finner den också i steniga backar och i buskbevuxna gräsmarker liksom i vägkanter, på dikesrenar, utefter stigar och intill häckar samt i skräpmarker. Arten är en av de få inhemska dunörterna som inte minskat på senare tid.