Kärrtistel växer på frisk till blöt, näringsrik mark och gärna, som Pehr Kalm skriver, på låglänta, våta ängar. Arten förekommer emellertid också i kärr, på stränder av vattendrag, i våta åkerkanter, sumpskogar och diken samt i allehanda igenväxande gräsmarker, där man ofta ser den tillsammans med älggräs och veketåg.