Kärrspira växer på fuktig till blöt, något näringsrik jord i fuktängar, mader, på sumpiga sjö- och åstränder, i fuktdråg i betesmarker och i inte alltför fattiga öppna kärr. Den konkurrenssvaga arten är gynnad av slåtter och bete och har minskat mycket kraftigt sedan mitten av förra seklet på grund av upphörd hävd av våtmarker. På lokaler där den fortfarande finns kvar kan kärrspiran förekomma mycket rikligt.