Bergjohannesört växer ofta exponerat i torr, basrik jord i steniga backar, på klippor och i bergbranter men finns också i nästan sluten löv- eller blandskog i sluttande, stenbunden terräng. Liksom i Halland (Georgson 1997), Västergötland (Bertilsson 2002) och flera andra landskap har arten minskat starkt under 1900-talet, förmodligen på grund av granplantering och försurning. Störst är minskningen i inlandet i södra halvan av landskapet.