Först uppgiven av Sjöstrand (1833).

Arten gynnas påtagligt av kalk. Den kräver ett gott snöskydd och växer därför rikligt i alpina kalkängar. Nedom trädgränsen finns fjällruta ofta i rikkärr och utefter de större älvarna med följeväxter som dvärglummer Selaginella selaginoides, fjällviol Viola biflora, svarthö Bartsia alpina och tätört Pinguicula vulgaris.

Albinistiska exemplar ses någon enstaka gång.

Sedd i 160 rutor med mycket ojämn fördelning: NV 86%, NÖ 43%, SV 12%, SÖ 3%. Arten saknas i Överhogdal, Härjedalen/Åsarne och Härjedalen/Idre. Den följer Ljusnan ner till Linsell. Längre nedströms har fjällruta, vad Härjedalen beträffar, setts vid Kolsätt (16E 6j, 1879, KFD & HFS i S). Nedom fjällen förekommer arten dessutom främst i kalkområdena vid Sörvattnet i västligaste Linsell och i rikkärren vid Rånddalen och centralorten i Hede.