Först uppgiven av Sjöstrand (1833): "från Ransjö till Storsjön."

Arten, som är kalkgynnad, växer i många olika miljöer, t.ex. i fuktig, ej alltför högvuxen ängsmark, men också i något torrare gräshedar. Fjällgentiana är påtagligt kulturgynnad och ses ibland i stora bestånd på igenväxande grusvägar och gårdsplaner, som t.ex. i Tännäs: Västansjögården NV om Fjällnäs (18C 0c 0- 1-, !). Vid älvarna finner man fjällgentiana på grusrevlar och på gamla, nu tyvärr igenväxande betesmarker.

Höjdgräns 1345 m: Stora Helagsstöten (Kilander 1955).

Östergren (1927) noterade flera färgformer i trakten av Fjällnäs, bl a en med vitstrimmiga blommor.

Arten är funnen i alla socknar utom Härjedalen/Åsarne, Överhogdal och Härjedalen/Idre. Den är registrerad i 67 rutor med utpräglad fjällutbredning: NV 47%, NÖ 12%, SV 11%, SÖ 5% . En koncentration av lokaler i S. Härjedalen finns ännu i Linsell: Glötetrakten (kalkområde). Arten tycks dock vara försvunnen på många äldre lokaler vid Ljusnan från Hede till Älvros. De båda sydligaste av de kvarvarande växtplatserna ligger i Sveg fäbodmark vid Härjåns utlopp i Härjåsjön(16E 2d, 1989, EE) och Lillhärdal: Yttre Härjåstugan (16D 1i, Holmberg 1977). Arten är hotad på marker nedom fjällen beroende på igenväxning av betes- och slåttermarker.