Först uppgiven av Sjöstrand (1833).

I fjällen växer fjälltimotej ofta på fuktig ängsmark, t ex i ängar med smörblomma Ranunculus acris, vid snölegor och i kärrkanter samt i gles björkskog. Arten är kulturgynnad och ses ofta vid fäbodar samt på stigar och vägkanter.

Höjdgräns 1477 m: Stora Helagsstöten (Kilander 1955).

Fjälltimotej finns i alla socknar. Det är en vanlig växt med fynd i 328 rutor och med största frekvensen i norra Härjedalen: NV 89%, NÖ 83%, SV 76%, SÖ 56%.