Skaftmålla växer på tånggödslade, låglänta strandängar, som tidvis översvämmas av havsvatten, ofta en bit innanför havssävsbältet på lerstranden eller i saltskonor och andra ställen där jorden är blottad. Den kan också förekomma på block- och sandstränder och är vid något tillfälle även funnen på skräpmark i inlandet.