Hedjohannesört är en oceanisk art som i Sverige växer som bofast endast i Halland och Bohuslän. Det är osäkert om arten finns kvar på sin halländska lokal. I övrigt finns den närmast på Jylland och på norska Vestlandet. Sedan gammalt har arten ett utbredningsområde i skogsområdet Svartedalen i det inre av Kungälvs och Stenungsunds kommuner, där den växer på soliga platser i störd, ganska mager skogsmark, oftast i vägskärningar, utefter skogsbilvägar, i bergbranter och i traktorspår. Sedan gammalt är den också känd från Hjärtums socken. På senare tid är den funnen av Olof Holmstrand i Sotenäs (Bergqvist & Blomgren 1994), där den växer i sluttningar i gles tallskog. Oftast är hedjohannesörten obeständig på de enskilda lokalerna, eftersom den är beroende av markstörning. Detta för med sig att arten under inventeringen är funnen på många fler lokaler, än man kan vänta sig att finna den på vid en given tidpunkt.