Vårtbjörk växer på torr till frisk mark och bildar skog tillsammans med både andra lövträd och tall. Den koloniserar gärna övergivna gräsmarker, vägkanter, sandtag och annan skräpmark och är en av pionjärerna på kustbergens igenväxande hällmarker. Vårtbjörken förekommer längre ut i skärgården än glasbjörken och man kan finna mycket vindpinade exemplar i små klåvor och skrevor även på små öar.