Knutört växer på naken, tidvis våt eller vattendränkt jord. Ofta finner man den tillsammans med dvärglin. Den förekommer på nötta ställen på stigar, i hjulspår och sandiga gropar, på tunt jordlager intill berghällar, i grunda fördjupningar i hällmark och naturbeten. Den ytterst lilla växten är konkurrenssvag och försvinner, då lokalerna växer igen. Därför är den beroende av kontinuerlig störning i form av bete, klövtramp eller mänsklig aktivitet. Detta är förmodligen orsaken till att den minskat kraftigt i de inre delarna av landskapet sedan mitten av 1900-talet. Arten kan dock vara något förbisedd.