Kärrfräken växer oftast ljusöppet på fuktig, ganska näringsrik och gärna basrik mark, i kärr, diken och dammar samt i betesmarker och i slänter med rörligt grundvatten. Den kan också förekomma rikligt på kulturskapade ståndorter som vägkanter och järnvägsbankar på lerigt underlag och tycks då kunna växa betydligt torrare än annars.