Backdunört växer exponerat i skrevor och på hyllor i bergbranter och klippstup, oftast i grönsten eller där sippervatten gör näringsämnen tillgängliga. Man finner också arten vid bergrötter och i vägskärningar, i steniga, torra backar och vid stenmurar samt på grusiga, torra, marker som banvallar, grusplaner och grustag. Arten har minskat sedan förra inventeringen, framför allt i de södra delarna av landskapet.