Bäcknate växer i grunt, ganska näringsfattigt och ofta brunfärgat vatten på dyig mark, ibland på upptorkad torvjord. Den förekommer i kärr, småbäckar och diken i skogs- och myrmarker men också i fuktiga partier och småkärr i kustens och öarnas hällmarker samt i större hällkar, ofta tillsammans med kråkklöver, löktåg och vattenklöver. Lindebergs iakttagelse (se primäruppgiften) finner dåligt stöd i vår inventering. Det är i mellanbygden som bäcknate förekommer mer sparsamt.