Hamnsenap kom förmodligen in med transporter av spannmål i slutet av 1800-talet och spred sig under första hälften av 1900-talet snabbt till hamnar och järnvägsområden. Numera tycks spridningen gå långsammare och man finner oftast hamnsenap på vägkanter, grusplaner, industritomter och soptippar. Utbredningen är mycket ojämn och arten är koncentrerad till bebyggelsecentra.