Kärrdunört växer fuktigt och blött både i fattigkärr och på mera näringsrikt underlag i medelrika kärr, vid dammar och sötvattensstrandängar men också på havsstrandängar, som är påverkade av sötvattensutflöden. Arten förekommer dessutom i fuktdråg i betesmarker och i diken samt i kanten av hällkar på fågelgödslade öar och holmar. Den har inte minskat, kanske därför att den liksom bergdunört växer i naturlig miljö, där konkurrensen från de nyinkomna arterna förmodligen varit liten.