Strandrödtoppa växer på fuktiga, betade havsstrandängar i den tidvis översvämmade salttågszonen eller i rödsvingelzonen, ofta tillsammans med strandkrypa och gåsört. Arten är känslig för igenväxning och därför starkt betesgynnad, vilket gör att den minskar i takt med att strandbetet upphör. Minskningen sedan mitten av 1900-talet är mycket påtaglig framför allt i fjordarnas inre delar, där igenväxningen går snabbare än i skärgården.