Knölsyska växer på fuktig eller våt, glest bevuxen jord i åkrar, på åkerrenar och trädor, där den ibland kan dominera. Man finner den också i åkerdiken, trädgårdsland och utfyllnadsmark samt på fuktängar intill sjöar och vattendrag och skyddade havsstrandängar med sötvattensutflöden.