Kärrsilja växer exponerat eller i halvskugga på fuktig eller blöt, både näringsrik och mager mark. Den förekommer i kärr, intill skogstjärnar, i mosselaggar och på gungflyn vid myrgölar, i fuktig gräsmark, i öarnas större hällkar och myrfragment samt på stränder och strandängar vid sjöar och vattendrag.