Starkt kulturgynnad ört med förekomster såväl i vatten som på land. Vattenpilörten var täml. allm. i Närke (Hartman 1866) och på Tylöskogen (Segerström (1932). Enl. nutida undersökningar är arten täml. allm. i Viby (Nilsson 1978), spridd i Hallsberg (Dalhielm 1985) och allm. i Glanshammar och Rinkaby (Nilsson 1986). Den kan nu betraktas som spridd–allm. i hela landskapet med undantag för glesare bebyggda delar av Skogsbygden där den saknas.

Under senare år är den sedd på skiftande växtplatser, bl.a. flerstädes i de stora sjöarna, i många av de mindre ända inne i Skogsbygden samt i bäckar och dammar, på lagårdsbackar, banvallar, vägrenar, åkerkanter, tippar m.m. Den växer även på kalk.