Dvärghäxört växer i skugga på fuktig till blöt, något näringsrik mulljord i gran-, bland- eller lövskog. Man finner den i raviner, utefter bäckar, i fuktdråg, på mossklädda stenar och lågor samt på klipphyllor. Ofta ses den tillsammans med gullpudra och skärmstarr. Så länge vatten- och ljusförhållanden inte ändras verkar arten vara stabil på sina lokaler, men den är känslig för kalavverkning.