Backtimjan växer på öppen, torr, gärna skalblandad jord i naturbetesmarker, på torrbackar, i hällmark och på vägkanter. Arten är mycket betesgynnad och tål inte gödsling, vilket förmodligen är förklaringen till att den nästan helt försvunnit från sina gamla växtplatser norr om Kungälv. På Tjörn, där jordbruket fortfarande är småskaligt, har backtimjan hållit sig kvar.