Flaskstarr är karaktärsart för de grunda småsjöar eller stora vattensamlingar som är vanliga i hällmarkerna och på de så kallade hamnerna, bergsplatåer vid kusten. Där finner man den tillsammans med vattenklöver, kråkklöver och ängsull. För övrigt förekommer arten på sjöstränder, i kärr och mosselaggar, torvgravar, sumpskogar och skogskärr.