Vattenmynta växer på frisk till fuktig, näringsrik mark i fuktängar, källdråg, diken och på stränder vid vattendrag, men oftast finner man den i övre delen av havsstrandängar. Det är möjligt att en del rapporter av vattenmynta under inventeringen egentligen avser den variabla och vanliga hybriden med åkermynta, kransmynta Mentha × verticillata.