Harmynta växer ofta tillsammans med andra små, kalkgynnade arter som sandnarv och vildlin, exponerat på torr, grusig eller sandig, oftast skalbemängd mark. Den växer i glesbevuxna torrbackar, markblottor i betesmark, öppna skalbankar och hällmark samt på stigar, grusplaner, i stenbrott och vägskärningar. Arten har försvunnit från sina inlandslokaler utom i Uddevallatrakten sedan förra inventeringen, förmodligen beroende på igenväxning.