Vattenskräppa växer blött till fuktigt vid näringsrika vatten vid sjöar och större vattendrag samt i och vid dammar, åar och diken. Vi har även funnit den i större hällkar på ganska små, fågelgödslade öar. Arten har sedan förra inventeringen visat sig på många nya lokaler och är på spridning norrut. Fortfarande är den vanligast vid Göta och Nordre älvar men är numera etablerad i hela södra delen av landskapet.