Gaffelbräken växer oftast ljusöppet i skrevor och sprickor i berg av såväl granit och gnejs som mer basrika bergarter. Den undviker de allra mest svårvittrade underlagen, där den dock kan förekomma, om berget är sönderbrutet och stendamm bildats. Man ser den ofta i branter och stup, i sprängda vägskärningar, i gamla stenbrott och bland skrotsten. I diabas- och rombporfyrgångar växer den i sprickor och under överhäng, gärna tillsammans med svartbräken och hällebräken.