Vattenpilört uppträder i två ganska distinkta former. Vattenformen växer som flytbladsväxt i något näringsrika sjöar, dammar och andra vattensamlingar och blommar ofta vackert. Landformen förekommer på lerig jord i åkrar, på vägkanter, banvallar och i skräpmark, ibland mycket torrt. Den blommar mera sällan och sprids oftast vegetativt.