Pepparrot är sedan länge odlad, ibland kvarstående och här och där förvildad i närheten av trädgårdar, på vägkanter samt i fuktängar och diken. Den sprids med rotfragment till jordhögar, tippar och andra skräpmarker. Arten tycks ha ökat i utbredning och frekvens sedan förra inventeringen, men detta kan vara skenbart, eftersom man förmodligen inte alltid noterade den förut.