Förekommer i södra Sverige med ett flertal förekomster i Uppland, där den har sin nordgräns. Tämligen sällsynt i landskapet som helhet, men betydligt vanligare kring Mälaren och i mellersta Roslagen. 128 kartblad, 192 kvadranter.
Vattenfräne förekommer på sjö- och åstränder och i diken, ofta på dyiga platser, stundom bland vass. Den växer ganska löst förankrad, vilket gör att stammar och skott lätt lösgörs och sprids med vattnet.
Förändring - 26%. – Vattenfräne minskar beroende på att den konkurreras ut av mera högvuxna växter då tramp och bete upphört på stränderna och det inte längre finns några luckor i vegetationen. I Roslagen tycks den dock vara oförändrad eller t.o.m. ökande.