Funnen två gånger på öar i Stockholms ytterskärgård. Inga andra kända förekomster i Sverige.

Japansk andmat beskrevs ursprungligen från Sydostasien. En genomgång av herbariematerial från Norge har visat att den där förekommer på åtskilliga lokaler (Ljungstrand 2010). Arten står morfologiskt mellan liten och röd andmat, och det råder viss oklarhet om hur de skandinaviska fynden skall behandlas taxonomiskt. I Sverige är den endast känd från Uppland, men svenskt herbariematerial är inte genomgånget. De uppländska fynden är från hällkar på ytterskärgårdsöar och en rimlig spridningsväg kan antas vara via rastande flyttfåglar.