Klapperögontröst är en baltisk endem, som förekommer på stränder vid Bottenhavet med svensk sydgräns på Björkö-Arholma (se nedan), men saknas på Väddö. Den är ganska vanlig vid den norduppländska kusten. 48 kartblad, 84 kvadranter.
Almq. nämner en ursprunglig, till Euphrasia curta (E. nemorosa) snarast tillhörig, småblommig form som är allmän vid norra kusten, även på skären. Reviderat material i UPS visar att det i många fall är fråga om klapperögontröst.
Klapperögontröst växer på exponerade, stenbundna små strandängar och på grus- och sandstränder. Den blommar ofta redan i juni.