Flentimotej förekommer i södra Sverige norrut till Gästrikland och södra Dalarna med utbredningens tyngdpunkt på Öland och Gotland, i Södermanland och Uppland. Den är tämligen allmän i Uppland som helhet, men ovanlig i skogsbygderna. 301 kartblad, 613 kvadranter.
Flentimotej hör till stäppfloran, vilket innebär att den är kalkgynnad och växer på torra, örtrika gräsmarker. Den förekommer på torrängar, torrbackar, åsar, gravfält och åkerholmar och har ganska god förmåga att överleva i en begynnande igenväxning vid utebliven hävd.
Förändring - 18 %. – Upphörd hävd har lett till att flentimotej minskat.