Den svenska utbredningen för toppjungfrulin är sydostlig. Den förekommer i södra Gästrikland, men de nordligaste lokalerna torde vara i Norduppland, Billudden i Älvkarleby. I Uppland är arten mindre allmän i de sydvästra, centrala och norra jordbruksområdena. Rödlistad. 104 kartblad, 148 kvadranter.
Almq. På Uppsalaslätten allmännaste arten i släktet.
Toppjungfrulin växer i friska till torra gräsmarker i kulturlandskapets hagar och naturbetesmarker, torrbackar och torrängar, på åkerholmar, vägkanter och vägslänter samt vid bäck- och älvstränder. På Gräsö har den noterats innanför havtornssnåren ovan högsta strandlinjen vid havet.
Förändring - 49 %. – Ofta är de nuvarande bestånden mycket små, men det finns även exempel på rika förekomster. Mycket tyder på att toppjungfrulin trängs undan allt mer p.g.a. konkurrens av mera högvuxna arter och att dess framtid åtminstone i centrala Uppland är hotad.