Vårklynne förekommer i södra Sverige med svensk nordgräns på Örskär i Uppland (se nedan). Den är tämligen sällsynt i landskapet som helhet med förekomster vid kusten och i Mälarområdet. 98 kartblad, 141 kvadranter.
Vårklynne växer på sandstränder och strandnära steniga backar, hällmarker och gräsmarker. Den har även noterats på dikesrenar.
Förändring - 36 %. – Vårklynne har minskat, antagligen på grund av igenväxningen, som gynnar mera högvuxna arter. Den kan vara förbisedd vid högsommarinventering eftersom den blommar tidigt och vissnar ner helt under sommaren.