Knärot växer i mossrika barrskogar (företrädesvis gran), ofta i nordsluttningar och gärna bland kammossa Ptilium crista-castrensis eller husmossa Hylocomium splendens. I blockig terräng växer den inte sällan på mossklädda stenar. Vid kusten finns den i strandnära barr- eller blandskogar. Växtplatserna är ofta naturskogsartade och arten är känslig för uttorkning av markskiktet. Vid den uttorkning som sker i samband med en kalavverkning försvinner knäroten.