Mycket allmän i hela Uppland. 677 kartblad, 2369 kvadranter.
Almq. Allmän, till yttre skärgårdens bod- och betesholmar.
Fyrkantig johannesört förekommer på allehanda torr till frisk mark, både öppet och mera skuggigt. Den växer i skogsbryn och gles skog, lundar, hagmarker, naturbetesmarker och andra måttligt betade gräsmarker och torrängar. Dessutom förekommer den på kulturmarker såsom vägkanter och skräpmarker och koloniserar gärna övergiven inägomark, vilket gör att den gynnas av jordbrukets omvandling.