Gräsnate förekommer främst på grunda sandbottnar i måttligt näringsrika sjöar. Den kan även finnas i mindre vatten, till exempel dammar och hällkar i skärgården, men saknas i stort sett i brackvatten.
Almquist anger arten som särdeles vanlig i Dalälven. Vid Upplandsflorainventeringen har få fynd rapporterats från Dalälven. Orsaken till detta är oklar. Möjligen överdriver Almquist artens vanlighet i Dalälven eller så är den starkt förbisedd i detta område på senare år. Ytterligare en möjlighet är att en minskning verkligen har skett i Dalälven. I så fall ligger det nära till hands att misstänka älvens reglering som en orsak.