Allmän i större delen av Uppland, men mot nordväst mindre allmän eller lokalt sällsynt. I skärgården går den längre ut än fyrkantig johannesört. 631 kartblad, 1818 kvadranter.
Almq. I södra och mellersta skärgården nästan allestädes, eljest mer eller mindre allmän; i Mälar- och Uppsalatrakten allmän, i de sydliga socknarna i Heby tämligen allmän.
Äkta johannesört växer på öppna och tämligen torra lokaler och avviker därmed något från fyrkantig johannesört, som även finns där det är frisk mark och något skuggigt. Äkta johannesört förekommer i hagar och betesmarker, på åkerholmar och torrbackar, i bergsskrevor, på strandklippor och örtbackar i skärgården, men även på kulturmark som vägkanter, grustag och järnvägsbankar.
Speciellt i nordvästra Uppland missgynnas äkta johannesört troligen av upphörande bete och igenväxning.