Sjöfräken växer i nästan alla typer av blöta biotoper. Den förekommer på ett djup av några dm till en meter i både näringsrika och näringsfattiga sjöar, i åar och diken, sumpskogar och kärr av alla typer. Den kan bilda vidsträckta, i stort sett rena bestånd, som är täta i näringsrika miljöer, men glesa i de näringsfattiga skogssjöarna. Vid kusten växer den sällsynt på strandängar i de mest skyddade vikarna.