Vattenskräppa har sydlig utbredning i Sverige med nordgräns i Uppland. De nordligaste förekomsterna finns på Gräsö, Örskär och vid Lövstabukten. Den växer även i södra Finland inklusive Åland. I Uppland som helhet är den mindre allmän. 241 kartblad, 429 kvadranter.
Liksom hästskräppa växer vattenskräppa i blöt, näringsrik miljö såsom betade strandängar, dyiga å- och sjöstränder och diken. Oftare än hästskräppa har den dock rapporterats från kusten, där den växer på stränder och strandängar i skyddade vikar.
Förändring + 4 %. – Till skillnad från hästskräppa visar inte vattenskräppa någon signifikant ökning.