Vattenstäkrans svenska utbredning är sydlig med endast enstaka förekomster norr om Uppland, där den är mindre allmän. 213 kartblad, 304 kvadranter.
Vattenstäkran förekommer i allehanda näringsrika, blöta miljöer, såsom dyiga sjö- och åstränder och dammar. Den växer även i alsumpskogar och blöta, öppna kärr samt i stora diken med konstant tillgång på vatten.
Förändring - 28 %. – På många stränder har vattenstäkran konkurrerats bort av andra vattenväxter, framför allt jättegröe, vilket gjort att den totalt minskat.