Förekommer på Mälarens stränder, där den nu är mycket sällsynt. 4 kartblad, 4 kvadranter.
Almq. (under Nasturtium amphibium × palustre). Tämligen sällsynt, mest i föräldrarnas sällskap.
Mälarfräne växer på exponerade, sandiga och grusiga stränder, framför allt vid åsar.
Mälarfräne har minskat kraftigt, antagligen på grund av konkurrens av högvuxna arter såsom rörflen och snårvinda. Enligt Jonsell (1968) är den mycket sårbar för konkurrens och kan även skadas av isskjutning, även om sådan kan bidra till den öppna mark där mälarfräne föredrar att växa. Eftersom en av föräldraarterna, strandfräne, är mycket sällsynt i strandmiljön, finns liten möjlighet till nybildning av hybriden.

Mälarfräne är delvis fertil och man kan inom vissa bestånd finna övergångsformer mellan de båda föräldraarterna som resultat av återkorsningar.