Den svenska utbredningen för toppfrossört är sydöstlig och omfattar huvudsakligen kustområdet från Skåne till Uppland. Den nordligaste lokalen finns på södra Gräsö. Toppfrossört är tämligen sällsynt i Uppland som helhet, numera med förekomster i södra skärgårdsområdet, området Singöfjärden–Gräsö och vid Mälaren, medan åtskilliga tidigare inlandsförekomster nu försvunnit. De senare utgör förmodligen brackvattensrelikter. 78 kartblad, 132 kvadranter.
Toppfrossört växer på stränder, i skrevor på klippstränder, på grusstränder, i strandskogar och strandsnår och på strandängar.
Förändring - 43 %. – Toppfrossört har totalt minskat, mest på grund av att flertalet inlandsförekomster försvunnit. I inner- och mellanskärgården i Stockholms län är den dock ännu relativt vanlig.